Penyakit jantung bawaan dapat diartikan sebagai kelainan jantung karena pada struktur atau fungsi jantung yang terjadi akibat adanya gangguan atau kegagalan perkembangan struktur jantung pada bayi maupun pada anak.

Penyebab kelainan jantung bawaan sampai saat ini belum disepakati oleh para ahli tapi ada beberapa factor yang dicurigai menjadi penyebab kelainan jantung bawaan, seperti : factor genetic, factor lingkungan (perokok pasif, bahan kimia tertentu, menghirup cat dan lain-lain), factor dari ibu (infekksi rubella, infeksi cymegalovirus, kencing manis, alcohol, obat-obatan,ectasy).

Penanganan kelainan jantung bawaan pada anak di Indonesia pada umumnya dan di RS Jantung Jakarta sudah maju, baik penanganan dari sisi obat-obatan, teknik intervensi (tampaoperasi) ataupun tindakan operasinya,karena dengan ketersedian peralatan canggih dan tenaga medis yang berkompeten dan profesional.  Tujuan dilakukan tindakan operasi jantung berguna untuk meperbaiki struktur jantung yang tidak sesuai dengan anatomi jantung

RS Jantung Jakarta memiliki dua kamar operasi, satu ruangan ICU, ruangan Intermediat Care khusus anak dan Ruang Rawat khusus anak, sehingga untuk penyebuhan Post Operasi pada anak dapat terpantau secara maximal.